Existe alguns tipos de atualizações que o Windows não precisa reiniciar para instalar, outras atualizações torna-se necessário reiniciar o sistema. Aí é onde está o problema, porque o sistema quer fazer naquela hora, não se importando se você usuário, está o usando o pc ou não. Nessa situação é recomendável utilizar o tutorial seguinte tirado do site
www.guiadopc.com.br, lá também existe muitas matérias interessantes:
Através do Editor de Diretiva de Grupo Local
Atenção: esta dica não é válida para as versões Starter, Home Basic e Home Premium do Windows 7.
1. Vá no menu Iniciar, digite gpedit.msc e selecione-o;
2. Siga em Configurações do Computador > Modelos Administrativos > Componentes do Windows > Windows Update;

Opção no Editor de Diretiva de Grupo Local.
3. Vá em “Não há reinicializações automáticas para usuários conectados”, entre nesta diretiva e selecione a configuração “Habilitado”.
4. Caso você queira reativar essa opção, marque a diretiva como Não-configurado ou Desabilitado.
Através do Editor de Registro
Se você usa uma versão doméstica do Windows, essa parte pode servir para você. Boa sorte!


Como deve ficar a configuração no Editor de Registro.
1. Abra o Editor do Registro no menu Iniciar, digitando regedit e selecionando-o.
2. Vá em HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Microsoft\Windows.
3. Clique com o botão direito na chave Windows, selecione Novo > Chave e nomeie essa chave como “Windows Update” (sem aspas).
4. Faça o mesmo procedimento descrito em 3, usando como base a chave Windows Update recém-criada e nomeando a nova chave como “AU”.
5. Dentro da chave AU, clique com o botão direito na área em branco na direita da janela, selecione Novo > Valor DWORD ou Valor DWORD (32 bits).
6. Nomeie o valor como “NoAutoRebootWithLoggedOnUsers”, exatamente como descrito aqui. Depois, dê um duplo clique e dê o valor 1 pra ele.
7. Se você quiser reativar essa opção, dê o valor 0.